云门宗与曹洞宗一样系出青原，第二代石头希迁，第三代传碎石和尚、天皇道悟、药山惟俨三人，药山派下创曹洞宗，云门宗则系出天皇道悟。

天皇道悟传龙潭崇信，龙潭崇信传德山宣鉴，德山宣鉴传雪峰义存。义存泉州南安人。家世奉佛，少年出家。会昌灭法，改装儒服，拜谒南岳系著名禅师芙蓉灵训，随侍左右。唐宣宗复兴佛教，义存北游吴、楚、梁、宋、燕、秦，受具足戒于幽州宝刹寺，复巡历名山，扣诸禅宗，突兀飘飘，云翔鸟逝，经曹洞宗师良价禅师指点，投德山宣鉴门下，获印可后返锡瓯闽，创道场于雪峰，开门传道，名声远播，天下释子不计华夏，趋之如召，雪峰寺因成江南一大丛林。义存在闽弘法近四十年，其得法弟子分灯化俗，有十二支脉，其中韶州云门文偃开创云门一曲，曲调艰深，高古绝唱，禅林中因有“云门天子”之称。

云门宗，亦称“云宗”，以云门文偃为宗祖，因文偃住广东韶州云门山光泰禅院，举扬一家宗风，后世取其所居山名而命宗。

文偃，俗姓张，赐号“匡真”，苏州嘉兴人。自幼出家。敏质生知，慧辩天纵，勤奋学习，遍览诸经。谒雪峰义存，一番交锋，默相契合，因深受义存器重，密授宗印。后历叩洞岩、疏山、曹山、天童、归宗、灌溪等地，参究玄要，锋辩险绝，声名渐著。后归岭南依灵树如敏，嗣其法席。不久，自立门户，领众开云门山，额曰“光泰禅院”。自此，道风愈显，海众云集，法化四播。文偃禅法，最著为“云门三句”，即函盖乾坤句、截断众流句、随波逐浪句，主张万法一如等无异，自他不二法性同，世界即我，我即佛。其家风孤危险峻，简洁明快，言简旨深。文偃知名门徒很多，分布江南各地。

云门宗在闽中开始流传，肇端于第四代禅师。

云门宗最初传入福建的是香林澄远支系与清凉智明支系。

其一，澄远支系

澄远，俗姓上官，汉州绵竹人。参文偃得法，住四川导江县迎祥寺天王院，后迁青城山香林院。其法嗣光祚在随州智门寺弘法。光祚的得法弟子省因禅师入闽。

省因，生平不详，传法泉州云台，即南安云台山荐国报忠禅院。

其二，智明支系

智明为文偃法嗣，传法“金陵清凉”。其得法弟子云豁传法江西吉州。云豁下出的自严禅师入闽。

自严，俗姓郑，泉州同安县人。11岁依本郡建兴卧像寺契缘法师席下出家。17岁得业，游豫章，过庐陵，契悟于西峰圆净大师，即云门宗清凉智明禅师高弟祥符云豁。由此夙慧顿发，遂证神足、盘旋五载。宋乾德二年（964），自严回闽，经武平，慕恋南安岩石壁峭峻，岩冗嵌崆，因结庵住修。其时汀州尚处在五代末南唐割据下。此后，自严传法于闽西一带。宋真宗大中祥符八年（1008)卒于武平南安岩。后人尊为“定光佛”。

第五代在闽传法共有三个支系。

其一，澄远支系

这一支系入闽传法的是澄远门下的智门光祚的再传弟子。雪窦重显的弟子。重显，俗姓李，遂宁人。早年出家，参光祚得法，住苏州翠峰寺，后过浙江雪窦山，大振云门宗风。被誉为“云门中兴”。其得法弟子传宗入闽。

传宗，生平不详，传法于泉州承天寺。

其二，师宽支系

师宽为文偃法嗣，住随州双泉山弘法，号“明教大师”，为云门宗第二代巨擎。其上首弟子师戒，住蕲州五祖山传法。四祖端与泐潭怀澄是师戒的得法弟子。四祖下出的常委与怀澄下出的象敦入闽。

常委，生平不详，在四祖端禅师处得法，传法福州广明院。

象敦，俗姓刘，福州人。在泐潭澄怀禅师处得法。后回闽，传法于福州雪峰，于北宋仁宗皇佑五年至治平元年（1053—1064)任其寺第五代住持。

其三，守初支系

守初，俗姓傅，凤翔人。在文偃处得法，住襄州洞山。其上首弟子良雅住洪州福严，下出湖南潭州智贤。智贤法嗣择要、启涛入闽。

择要，生平不详，在潭州智贤处得法，后入闽，传法于福州侯官广因院。

启涛，俗姓柳，漳州人。嗣潭州北禅崇圣院贤禅师。受请住宁德支提山，后移锡闽城仁王寺。英宗治平元年（1064)住鼓山。治平三年（1066)移锡福清灵石山。

第六代禅师在闽传法有五个支系。

其一，澄远支系

这一支系继续有禅师入闽，大都是雪窦重显的再传弟子，但出自不同的支脉。

有兰支脉。有兰禅师的法嗣可遵入闽。可遵，《五灯会元》载其语录数则，未载生平。据《闽书》晋江县“清源山”条载：“可遵，俗姓徐，南安人，微髭碧眼，状如胡僧，而精修无惫，得施利，则缕经忏，缮桥道，构藏殿。”曾于清源山百丈坪修禅。《五灯会元》称其“福州中际可遵禅师”。说明可遵曾传法“福州中际”。又据《晋江县志》可遵传载，宋元丰间（1078—1085），太守王祖道尝延聘住持开元寺尊胜院。

义怀支脉。义怀禅师有法嗣接、旺、有评、其辩、惟礼、智孜等6人入闽。

接禅师，生平不详，传法泉州资寿院。

智孜，俗姓萧，长汀人，号“禅鉴大师”。宋《临汀志》载：智孜尝住福州闽县白鹿寺，后来移锡故里长汀，传法汀州开元寺。智孜于机法之外，尤长于诗，著有《南山集》。

有评，《五灯会元》本传称之为“泉州栖隐有评”。《泉州开元寺志•建置》载：“栖隐禅院，南唐保大中（943一957）,董思安葬于漳。其妻颍川君与其子全武营是院以荐冥福。先皆甲乙住持。宋为州者改为十方禅院。自然、有评二禅师皆主是刹。”有评禅师所传法的晋江栖隐禅院，后来并入开元寺。

旺禅师，生平不详，传法建宁府乾符大同院。

惟礼，生平不详，传法福州衡山院。

其辩，生平不详，传法兴化军西台院。

其二，师宽支系

师宽支系的怀澄禅师法嗣闽人怀琏下出的慎徽禅师入闽。

慎徽，生平不详，传法福州天宫院。

怀澄的再传弟子、福州雪峰象敦禅师下出的善誉禅师（生平不详）留在雪峰寺传法。

其三，守初支系

守初支系下智贤禅师的再传弟子、福州广因择要禅师的弟子如璨留在闽中传法。

如璨，生平不详，传法于福州妙峰院。

其四，缘密支系

缘密在文偃处得法后，住鼎州德山。其下出的文殊应真——洞山晓聪——云居晓舜相续承传。晓舜住江西南康云居山，其法嗣余禅师入闽。

余禅师，生平不详，传法建州白云崇梵寺。

其五，双泉郁支

双泉郁为文偃法嗣，弘法随州。其下出的德山慧远——开先善暹——智海本逸相续承传。本逸住东京智海院。其得法弟子海印与仲豫入闽。

海印，生平不详，传法福州怀安大中寺。

仲豫，生平不详，传法闽县白鹿山之白鹿寺。

七代禅师在闽传法仅一人，为香林澄远支系下义怀禅师的再传弟子慧林宗本的弟子守恩。

守恩，俗姓丘，福州福清人。往汴京参慧林宗本禅师，得其法，后回闽中。《续传灯录》本传则载，守恩初出世住福州怀安地藏院，后迁太平寺。

第八代禅师在闽传法都出自香林澄远支系下的天衣义怀禅师一门，为义怀的三传弟子慧林宗本、天钵重元、长芦应夫等人的再传弟子。

其一，宗本一脉

宗本法嗣法云善本、本觉守一、净因惟岳都有得法弟子入闽。

思慧，俗姓俞，浙江钱塘人。往汴京参法云善本，得其法。入闽传法于福州侯官雪峰寺。

粹王圭，俗姓林，福州人。参秀州本觉寺守一法真禅师，得其法。后返闽，传法于福州怀安越峰罗汉院。

本明，生平不详，得法于本觉守一，入闽传法于福州怀安寿山广应院。

体淳，生平不详，在汴京闽人净因惟岳处得法。入闽传法于福州鼓山。

其二，应夫一脉

长芦应夫法嗣雪窦道荣的得法弟子雪峰大智入闽。大智，浙江鄞县人，生平不详。在浙江明州雪窦山道荣禅师处得法，入闽传法于福州雪峰，宣和三年（1121）当山，建炎四年（1130）示寂，寿六十一。

其三，重元一脉

重元法嗣元丰清满的得法弟子雪峰宗演入闽。宗演，恩州人，在卫州元丰院清满禅师处得法，入闽传法福州雪峰，绍兴十五年（1145）当山。次年示寂，寿七十三。

第九代禅师在闽传法都出自天衣义怀一门，为义怀法嗣慧林宗本与天钵重元的三传弟子。

其一，宗本支脉

宗本——善本——楚明相续承传。楚明住杭州净慈寺，其得法弟子隆禅师入闽。

隆禅师，闽县曹氏子。传法福州雪峰，崇宁二年（1103）当山，政和二年（1112）示寂，寿四十五。

另外，宗本传崇信，崇信传怀深。怀深传法于东京慧林院，其得法弟子慧邃入闽。

慧邃，生平不详。传法仙游九座山太平院。

其二，重元支脉

重元——清满——宗演相续承传。前已及宗演在福州雪峰传法。其法嗣慧舜留在闽中。

慧舜，生平不详。传法福州西禅寺。

从以上所述可知，云门宗第九代有3位禅师在闽中传法，分布于福州、兴化两地。其传法年代大致在南宋高宗朝至孝宗朝。此后云门宗在闽中法脉承传不明。

要而言之，云门宗于五代南唐末传入闽西与闽南，此后渐及闽中大部分地方。云门文偃法嗣澄远、智明、师宽、守初、缘密、双泉郁六个支系的后代相继向闽中发展，而以澄远支系与智明支系最先传入。其中澄远下出智门光祚——雪窦重显——天衣义怀一派在闽势力最盛。北宋的神宗朝至徽宗朝是云门宗在福建发展的繁盛时期。云门宗在福建传至第九代禅师之后，亦即孝宗朝之后法脉承传不明。浙江、江西则传至第十、十一代。福建与之相较，过早衰微。

综上所述，五代两宋泉州一度是云门宗活动的主要地区，后来逐渐衰微，宋末以后，没有出现著名禅师传法弘教。

明清以来，虽偶有云门派云水僧人入闽，在丛林禅寺挂褡，但均未见有住持一方，传承弟子。直至清嘉庆年间（1796—1820），方有来自普陀山云门派客僧恒心，初来同安梵天寺住褡，后因缘来厦门本岛，募资重建慧月寺（室），并收传弟子愿意。

愿意和尚，原籍同安，在魁星河摆渡为生，一边摇橹，一边口诵阿弥陀佛佛号不辍，人称阿弥陀佛和尚，寺亦改为阿弥陀佛寺。后其弟子六湛重修寺宇，正名为妙释寺。愿意和尚以下昭穆字序为“六、清、善、正、宗”。其徒六持、六密、六善、六湛；清字辈有清桂、清修、清凉、清智。21世纪初传至“善、正、宗”为多。现代有善契、善藏、善琳、善扬诸法师。

近代云门派另一传人释清念，原籍同安大嶝岛。早年往普陀山鹤鸣庵出家，后归住梵天寺，传有弟子印实、印顺。印实后往新加坡宏法。印顺早年在闽南佛学院修学，后移住台湾。对佛教论宗深入研究，著有有关人间佛教等多部佛学论说，海内外佛学界尊为汉传佛教佛学大论师。当代梵天寺住持厚学，初投日光岩善契法师披剃出家，后亲近清念法师，由清念代其弟子印顺收为传法弟子，赐法名正道。云门派下旧时所属寺院有妙释寺、日光岩以及同安梵天寺等。

各派以字序为诸弟子法名，使外人一见字序便知其所属宗派及其辈份。此外，各宗派在佛事规仪上也有不同的信号。如打晨钟的节奏，临济为快十八、慢十八的节奏反复撞打；曹洞则以一下、一下的流水节奏撞打，使外人闻其钟声即知寺院所属派系。

近代以来，各宗门派系为了繁衍本系宗门，常有滥收出家或在家徒众的现象。不同宗派之间，也常见有因争执寺院业权或施主法事而产生矛盾。清末民初，在社会上“庙产兴学”的浪潮冲击下，厦门有些具有卓识远见的高僧大德，奋起推行革新佛教以自救的佛化运动。在运动中，首先觉察到佛门中封建传统的宗派分立，不仅造成佛教僧团间的不团结，更严重地是阻碍佛教改革运动的开展。因此，把改革这一落后状态作为佛教改革的重点来抓。

民国十三年（1924）,临济派下的德僧转逢和尚，首倡把临济喝云派属在厦门最大的寺院南普陀寺献为十方丛林，改子孙传承为十方选贤制。与此同时，有些原属子孙传承的小地方（寺、岩），也开始出现互相转换住持或容纳不同法系的僧侣共住。如虎溪岩派的天界寺，二十世纪30年代初，转由喝云派的广恩法师住持；虎溪岩派会泉法师为其女弟子宏定尼师开建的甘露寺后转让云门派菜姑住持，同安梵天寺原属曹洞，后归云门；梅山寺原为临济，后也转让给云门等等。