□ 顺治二年（1645），明锦衣卫陆昆亨追随南明唐王朱聿键。越年，唐王遇难后，遁入厦门出家为僧。

□ 顺治三年（1646），明隆武小朝廷御史涂仲吉遁至厦门，削发为僧。

□ 顺治四年（1647），僧无疑化募重建同安西安桥。同时在大帽山麓重建甘露寺。

□ 顺治五年（1648）八月，清兵攻克被郑成功占领的同安县城，大肆屠杀。同安城关无辜居民被清兵杀死数万人。僧无疑率其徒七人和幸存群众一道收敛掩埋，合葬于大轮山下。顺治七年，改建合葬处为“同归所”。

□ 顺治初，抗清义士刘子葵在惠安举义，被清兵追捕，全家被禁，乃削发为僧，逃至厦门，与纪许国诸名士友善往来。

□ 顺治初年，厦门名士杨秉机怀亡国之痛，愤然削发为僧，自号“鹭岛遯人”。其父复社党人杨期演于康熙元年（1662），也“僧帽缁衣”隐居后溪村。

□ 顺治七年（1650），明兵部给事中姚翼明随明鲁王朱以海来厦，后入洪济山云顶岩为僧。

□ 顺治十一年（1654）五月，黄蘗宗隐元和尚及其弟子从厦门乘郑成功商船赴日本传教。隐元后被尊为日本佛教黄蘗宗开宗祖师。

□ 顺治十二年（1655），郑成功置厦门为思明州。

□ 顺治十二年（1655），原唐王隆武小朝廷兵部尚书唐显悦全家避居厦门，入云顶岩归隐，自号“云衲子”。

□ 顺治十三年（1655），隐元和尚弟子木庵禅师应召从厦门东渡日本长崎，助其师隐元开建日本万福寺，寺为日本黄蘗宗祖庭。木庵禅师后又在日本长崎、京都等地建寺十座，木庵禅师被尊为黄蘖宗第二代祖师。

□ 顺治十八年（明永历十五年，1661），郑成功东渡台湾。翌年病逝。其妾名瑜留居厦门，闻讯作诗哭之云：“赤手曾扶明日月，丹心犹照汉乾坤。”后入厦门削发为尼以终。

□ 顺治年间（1644—1661），前明举人刘霖任倡修同安梅山寺。

□ 顺治年间（1644—1661），郑成功据厦抗清时，还有阮文锡、纪保国、李逢春、洪思、谢元忭、林英、骆亦至、吴亦庵等一批朱明王朝遗臣义士在厦门先后落发为僧。

□ 康熙二年（1663），同安鼎尾村明代监察御史黄仲晔（后改名“其晟”），随南明永历帝朱由榔在广西抗清被捕，生死不明，其夫人改府第为佛堂，称“大德堂”，带领全家女眷带发修行奉佛。此后大德堂成为菜姑住修场所，世代相传。

□ 康熙九年（1670），僧无疑再次募修同安西安桥。

□ 康熙二十二年（1683），靖海将军施琅复台后驻镇厦门，越岁，捐俸为倡，重建普照寺殿堂，新建大悲阁，并由此改称“南普陀寺”。施琅恭请临济三十五代宗师慧日住持南普陀寺，是为南普陀寺开山第一代祖师。

□ 施琅建南普陀寺后，又捐资重建万石岩。

□ 康熙二十五年（1686），僧光隐重建宝山岩，励行农禅，躬耕自食，粒积衣钵之资，购置田产。雍正九年（1731），刻石列产，告诫后来徒众严守田产，坚持农禅，力耕自食。

□ 康熙四十年（1701），福建水师提督吴英（晋江人），捐资倡建虎溪岩，并礼聘黄蘗宗隐元和尚第四代徒孙元飞禅师住持，经十多年的经营，重建大雄宝殿、垂云楼、啸亭、伏虎洞以及僧寮堂院。释元飞被推尊为虎溪岩开山祖师。

□ 康熙四十四年（1705），苇老和尚创建白鹿洞佛宇。

□ 康熙四十七年（1708）冬，南普陀寺开山祖师慧日禅师圆寂，越年春其弟子通意法师建舍利塔于南普陀寺左侧五老峰下（现厦门大学校园内）。

□ 康熙五十三年（1714），提督蓝理重修万石岩侧中岩，并立从征澎湖阵亡将士祠，置田一石一斗，供寺僧作为祭祀香灯费，并镌刻碑文志载田产。

□ 雍正五年（1727）十月，虎溪岩住持元飞应提督蓝廷珍、海防同知陆箕永之请，在本岩启建万寿大法会，并开堂说法。

□ 雍正十二年（1734），海防同知李璋捐资重修虎溪岩，扩建准提阁、弥勒楼和“供佛泉”、“飞鲸石”诸胜。

□ 乾隆初，醉仙岩僧月松与厦门名士黄日纪，相与谋建佛殿于醴泉岩侧，并改醉仙岩为“天界寺”。寺建成后，僧月松于“天界”石下为黄日纪建造一座纪念亭，遂称“黄亭”。

□ 乾隆十四年（1749），同安贡生陈秉礼捐资重修县西桐岗山明觉院。

□ 是年，虎溪岩僧佛悯于厦门港打石字下海滨募建海蜃寺。二十七年，台湾知县夏瑚设“太平船”，专运大陆流落台湾死亡军、民尸骨棺木来厦，征用海蜃寺为停棺处，年拨白银30两（后加至75两），供寺僧作为祭祀孤魂的香资费用。

□ 乾隆二十年（1755），重建同安智门院。院始建于宋，元、明多次重修，废于明嘉靖年间（1522—1566）。

□ 乾隆二十四年（1759），虎溪岩住持佛悯应缙绅之请，就本岩启建三坛授戒法会。

□ 乾隆二十五年（1760），虎溪岩僧瑞琳募建鼓浪屿日光岩，扩建殿宇、楼亭。

□ 乾隆二十八年（1763）秋，台风暴雨，虎溪岩山崩石坠，大殿尽毁，独佛像完好无损，一时称奇。厦门士绅司马梁居士捐资重修大殿。

□ 是年，僧瑞晃于鼓浪屿三丘田建瑞晃庵。

□ 乾隆三十九年（1774）六月，朝廷颁布废止僧人出家官给度牒制度。从此，僧侣得以自由收度弟子，不受官府限制。

□ 乾隆四十五年（1780）冬，南普陀寺住持佛颜应黄仕简等缙绅之请，就南普陀寺启建开授三坛传戒大法会。

□ 乾隆五十三年（1788），南普陀寺前树立御制碑文八段，并建四座碑亭以护，称“御碑亭”。碑文为清高宗弘历亲撰，记述平定台湾林爽文等战功。

□ 乾隆五十五年（1790），僧佛悯重修虎溪岩丈室、禅堂。

□ 乾隆年间（1736—1795），虎溪岩僧佛寿、佛宾先后越洋出国，远赴南洋弘法，一居越南，一居三宝垅，此为厦门僧人最早出国弘法的记载。

□ 乾隆年间（1736—1795），虎溪岩衍派僧意藏进住朝天宫，首开厦门寺僧进住城镇神庙之风。

□ 乾隆年间（1736—1795），同安知县李芬、明新、邵召南，梅山寺住持僧奕振及乡耆李猷等相继倡捐募资重修梅山寺及梅亭。

□ 嘉庆十二年（1807），僧通庸，字达中，重修天界寺，并于寺侧建达中庵，后改紫云岩。

□ 嘉庆十八年（1813），水师提督王得禄以海战得女神天妃庇护，重修扩建三丘田瑞晃庵，改祀天妃，易称“三和宫”，并于宫后刻石题记。道光初，王得禄去任，住僧恢复主殿奉佛，改三和宫为法海院。

□ 道光四年（1824），提督许松年倡修鸿山寺，增建弥陀庵于寺侧，塑十八罗汉以祀。

□ 道光五年（1825），中岩信众成立董事会，集资重修寺宇寮舍。

□ 道光十一年（1831），僧省已醵金重修南普陀寺。

□ 道光十五年（1835），日光岩楼亭倒塌，殿宇倾危，长乐人林鍼捐资重修，翻建东、西厢房，并于石室前建拜亭。

□ 道光十九年（1839），居士林西园等以紫云岩多蚁蛀蚀殿宇，卜地左侧，募建新殿。咸丰五年（1855），复与李开瑞募资新建正殿和禅房。越岁，重新凌云阁，并于阁前构亭，称“洽然亭”。

□ 咸丰四年（1854），同安太华岩寺僧参与“小刀会”反清活动，被清兵围剿，寺因之被毁。

□ 同治八年（1869），天界寺僧心奉改建金鸡亭为小寺，仍祀观音大士。

□ 同治十年（1871），士绅陈逢义等集资重建鸿山寺大雄宝殿。

□ 光绪十九年（1893），喜参和尚应聘来厦住持鸿山寺，全面重修寺宇。

□ 光绪二十一年（1895），喜参住持南普陀寺，募资新修殿宇堂舍，二十九年（1903）开堂传戒，十方缁素数百人前来受戒。

□ 光绪二十二年（1896），日本佛教东本愿寺派、净土真宗太谷派和天理教等，先后派遣开教士（僧侣）来厦门传教，租赁民房为教堂。

□ 光绪二十六年（1900），日本领事利用日僧制造“厦门事件”。是年8月24日，日领事唆使日僧放火自焚租用民房的东本愿寺，并以此为借口派水兵登陆，在虎头山架炮，胁迫要强行租赁虎头山下大片土地。事变之后，厦门市民自发奋起反抗，经美英领事斡旋，方告平息。事后，日本佛教诸派在厦门受到市民的抵制，先后悄然回国。

□ 是年，南院喝云派有益禅师云游南洋群岛，募资重修厦门觉性院。

□ 光绪三十年（1904），漳州佛化和尚应厦门庆善堂佛教徒的邀请，率领弟子多人来厦，就荷庵启建水陆法会。荷庵小岛为之拥塞，盛况空前。

□ 是年，会泉和尚从浙江宁波天童寺参学多年回厦，在寿山岩开讲《楞严经》，此为会泉首登经坛说法之始。

□ 光绪三十三年（1907），一代高僧虚云和尚为赴京迎请《龙藏大藏经》事，从云南来厦，邀请挚友转道和尚协助；回程复经厦门，郑重委托转道协助办理藏经通过南洋运转云南事宜。

□ 光绪末年，菜姑叶茶花在李仔山募地创建延寿堂。后两年先天派菜姑又于延寿堂侧募建印（应）月堂（以上两堂于1957年李仔山兴建厦门宾馆时，被分别迁置）。

□ 光绪末年，同安举人张荄等倡修梵天寺。

□ 宣统二年（1910），先天派菜姑林玉兰在厦禾路募建佛顶寺，后皈依佛教。

□ 宣统三年（1911），南普陀寺住持喜参和尚恭请佛化和尚为南普陀寺住持。是年六月初八日，喜参和尚于南普陀寺圆寂。

□ 宣统年间（1909—1911），厦门虎溪岩僧会机法师在同安妙高山上开建佛国寺。