厦门地区，由于地理条件的不同，有内陆海岛之分。唐初泉州建立州治以来，岛、陆地区，一直成为州治的边沿属地。僻处山垭海陬之间，水陆交通不便，滨海虽有大片荒芜的冲积平原，却长期未得开发。直至唐贞元十九年（803）方“析南安（县）西南四乡为大同场”。所谓“场”者，是在乡里之间，设立墟场草市，由州官遣榷税吏，坐地榷征税赋称“场监”。场自唐初以迄唐末，一直未具建县条件。直至后唐五代，有大批避乱南来的中原士族入迁大同场，开发土地，发展自然经济，方于长兴三年（932）（一说大成四年，929）由泉州刺史王延彬申请建县，升大同场为同安县。

厦门地区佛教的传入与兴盛，理所必然地与当地当代的社会历史经济开发和发展，有着相因的密切关系。厦门地区自唐设大同场以来，在场所在中心墟场附近（今同安大同镇），曾先后建立四所小寺院，以供赶集往来民众拜佛活动的场所。这就是梵天寺、梅山寺、天兴寺、拱莲古寺的前身。据《泉州府志》和《同安县志》记载，均称这四所寺院的始建年代，为“建于隋唐间，岁月不可考”。可见这些寺院的前身均当始建于设场后乃至建县前而存在的，因年代久远，又因寺小无记，具体岁月无可稽考，故泛称为“建于隋唐间”。是以确认这些寺院应为厦门地区佛教传入最早的寺院。

上述四所寺院，以其所在均在新建同安县城附近，因此建县后都得到不同程度的重建与扩建，并先后改称今名。其中“初称泗洲”的梵天寺前身，更以大轮山麓的高旷地势，得到大规模的扩建，并改称兴教寺，作为振兴同安佛教的首刹。直至北宋熙宁年间（1068—1077），又进行全面翻修扩建，合72庵为一区，使之成为泉州诸大名刹之一。

近代以来，梵天寺为进一步展示其历史悠久的优势，开始将泛指建于“隋唐间”改为实指建于隋代。如近人编写《梵天寺史》中将其具体化，称：“据明兵部侍郎蔡复一梵天寺碑文记载：‘寺为隋文帝开皇元年敕建。’”并称：隋文帝建国后，即敕令全国各州县，都要建立一所大禅寺，梵天寺即奉敕建于此时。遍查所有与梵天寺有关的地方史志资料，均未见蔡复一有梵天寺碑文之说，惟有乾隆《同安县志》中有蔡咏梵天寺的三首律诗，和明洪武初赵道生和知事陈仲述两方记述明初无为禅师重修梵天寺、重建大雄宝殿落成的碑文（均见后附诗词选和碑文选）。碑文记史，均按旧志所说“建于隋唐间”。三首诗文更绝不见有隋皇敕建词句。倒是近年新建大殿前廊两侧石柱镌有一副款称明蔡复一所撰楹联，书联落款为“王秀南”（当代人）。联文曰：“隋代久辟天竺国，轮岗重仰法王宫。”联文粗拙晦涩，平仄对仗也不工整，将此粗劣联文称之出自有明一代名士之手，实在令人不敢相信。

造此联文之意，目的在于说明隋皇敕令各州府县建立大禅院之说为实。按隋初开皇年间至五代同安建县相距三百多年，但有人却以《同安县志》中有：“晋太康三年置同安县，寻改晋安郡”之说，称同安于晋代即已建县。实际上此为对历史同名的误解。据有关福建郡县建制的历史记载，晋太康三年（282）为福建始在闽中地区建晋安郡，此后又在郡属地区分设八个县。其中同安县和晋安县为郡治的中心县，后又撤同安县并入晋安县。梁天监年间（502—519）升晋安县为南安郡。南陈撤郡建丰州，后改武荣州，南安郡降称南安县。由此可见，隋初，现同安地区还是属南安县边陲人烟稀少的荒漠地带。由上可知，两个建于不同历史时期的同安县，除了名称相同外，实际上却是分属两地互不相及的两个地称，而隋初亦决不可能由隋皇敕令在同安县建一所大禅院。

按旧《志》另有一说称：“梵天寺初称泗洲，建于隋唐间……。”如此说可靠，则寺之前身，应建于后唐五代中原士族移民开发同安的时代。因为泗洲佛的信仰，是由中原士族带进闽南的俗信神佛。据传：唐乾符年间（875－879），黄巢造反后挥兵南下，泗洲化身为一比丘，盘坐于岭头道口，挡住大军去路，力求黄巢不要滥杀无辜。巢一时性起，挥剑将其斩首。讵料首级落地三尺，复自跃起颈部自合。巢大惊异，下马谢过，诺其所请，挥兵绕道而去。后人感念和尚舍身制乱安民功德，乃于其就义的岭头道口，按和尚盘坐原型雕造三尺石佛石像，立于道左，以资纪念。中原士族因避战乱而南迁，对泗洲的制乱安民感念特深，故将其带来移居地供奉。据《同安县志》记载，有许多族居村中所建佛院大都有“初名泗洲”之说，如珩山圣果院、北山院（岩）、陈氏家族集居的明觉院，乃至鹭岛五老山下五代僧清浩的岩居地等等，均有初名泗洲的记载。此外，移民所经过的岭头、大道口、村头等地，也大都建泗洲的石佛石龛，以作挡境守护神佛。后来由于迁民南来安居日久，对“战乱”观念日益淡化，同时为与闽南民间信仰相适应，对于泗洲信仰也因淡漠下来，许多初称泗洲的佛院，至两宋期间，纷纷改奉其他神佛，并改今名。惟有供坐于岭头、道口、村前的石佛石龛，至今仍时有所见。梵天寺原址大轮山，正处移民进入同安的大道口，于此初建泗洲佛院的可能性极大。

旧同安境内另一座沿称“建于唐”的寺院真寂寺，府、县《志》书均没有其始建具体年代。《志》中简述：“唐宣宗与黄蘗祖师联吟于此。”由此可见寺的存在应早于唐大和年间（828—835）宣宗被贬出宫之前。但复据明本《黄蘗山寺志》记载，宣宗与祖师观瀑联吟的地点，系在江西高安祖师早年所建的黄蘗寺中，与真寂寺互不相及。原来真寂寺的前身，为祖师弟子义安于会昌废佛时，隐遁岩居潜修乃至寂化的所在，后人寻踪至此，乃于岩侧建小禅院纪念。此为《志》书所称“初名义安”的本源。后来，泉州剌史王延彬扩建大禅院，乃此（义安）大师归去真寂然，正名为真寂寺。并将祖师与宣宗联吟盛史移来此寺，既标明寺与黄蘗的渊源，又显示黄蘗宗门的历史的荣耀。（详见卷之一《真寂寺》）

近人传闻：唐代有陈氏家族在厦门本岛开建五所寺院。此说源于《颖川陈氏大成宗谱》记载，称：中唐时期，太傅陈邕之子陈夷则，举族三百余口，从漳入迁鹭岛。时与薛令之族人同时入迁，称“南陈北薛”。陈夷则于薛岭之南建觉性院。此后夷则子孙陈俦建虎溪岩、陈僖建万石岩、十一世陈肇、陈黯分别建普照寺和云顶岩。按此五所寺岩，除觉性院外，其余四所均各自有始建于明代的具体年代与史实，因此这些寺院均不认同此说。唯有南普陀寺于二十世纪三十年代，因为借助檀樾主陈氏盛族合力保护当时屡被外人侵占的寺产土地，由该族  洲陈秉璋按所传谱说其十一世先祖陈肇捐山一陇、田地五十二亩建普照寺，并附有今称的田产四至地名。又请泉州清末举人曾遒撰写有“经始溯唐朝，与开元并古”的联文，镌立于大殿前廊石柱上。同时，又于无尽岩遗址刻石说明为唐建普照寺遗址。但更多尊重史实的人均不认同此说，如成书于1933年，由虞愚等人主编的《南普陀寺志》，在《寺考》中也未提及“唐建”之说。

据闻，《陈氏宗谱》有关厦门本岛“南陈”源流之说，早在清代中叶便在岛上传闻，但此说内容比较简略，只在于说明：鹭岛“南陈”之称，源出于漳州南山寺陈邕的“南院陈”之简称。如现存南普陀寺内的一方立于清光绪十三年（1887）的碑文所称：“相传漳郡南山寺所祀唐陈太傅□（邕）八世孙讳肇，念子孙得有今日，我佛所庇也，乃建普照寺”。碑文直接指陈肇为太傅陈邕八世孙，而将近人所传的自陈邕长子陈夷则举族迁岛的关键人物都忽略了，可见后人续写《宗谱》，为了更令人确信岛上南陈就是漳州“南院陈”一脉所传，因而将原谱的简述所说具体化起来。然而越是扩大史实将其具体化，却留给人们更大的疑问。如：中唐时期，陈夷则为何突然自我毁弃安居漳州的显贵家族门第，举族入迁荒无人烟的无名孤岛？于是后人又编造三种说法的具体例证。

一说：夷则触犯朝廷大罪，故举族迁岛避难。夷则之父陈邕方因私造高门宅院犯罪倖免，为时不久，夷则又犯何罪？真若犯朝廷大罪，举族入迁与漳州隔水相望的海岛，又怎能逃避得了？二说称：夷则乞假回乡守制，偶得一梦，见一海岛，岛上有稻生九穗的祥瑞，称嘉禾屿，因而坚信此为上天示意，要其举族迁岛别创基业。凭此虚幻梦境，便自毁家园举族迁岛，自是令人不敢相信。三说：初称陈邕以三百万贯向地方官府购买全岛所有权；后又说陈夷则身为当朝宰相，以三千万贯向朝廷购得全岛。此说更为离奇，考自封建历史制度规定，举凡未经开发利用的荒山野地，政府鼓励移民自由开发，待到将生荒地开垦成为可以耕植的熟荒后，再经三年的免租试产，方由地方政府派人丈量计产，按章向官府缴纳国课租税。并由地方政府发给“地契”，证明开发土地属开发者所有，使开发的土地成为可以自由买卖的有价值的产业。至于全国所有未经开发利用的荒山、原野乃至海岛，按“寸土归王”之说，都是皇家所有的国土，任何地方官员乃至朝廷大臣，都无权或敢冒“灭门之罪”私卖大片国土给私人，让其占地为王。后人制造此说既为圆释陈氏举族迁岛之说，又向后世宣耀厦门海岛是其先祖买下的私有业产。然而一千多年来，均未闻有他族入迁海岛开发必须向陈氏大领主求赐土地的任何记载或传说。按照当时社会，家有万贯资财，便称一方巨富。陈氏家族竟然拥有数百万乃至数千万贯巨资，大可以在土地资源丰富的漳州地区购买万顷良田，坐享大庄园主的富贵生活，何用以此巨资，购买生产生活条件相对内陆极为差劣的无人荒岛？

以上三说，显然是后人为圆释夷则举族迁岛原由之迷，然而“以谜释谜”，却留下更多令人难以理解的疑问。

此后又续传，夷则举族迁岛后，又在岛上衍传八世代代为官的豪族，并列举从四代陈俦以至十一世陈肇、陈黯等人在岛上建造五所寺岩。近年来，又从争议南陈开发史的文章中发现许多新的记述。如称：陈邕临终时，曾遗嘱后代子孙，凡有出息者都要建一座寺院，以报答佛祖恩庇全族倖免于难的佛恩。于是将在岛上建五座寺岩增至十五座，包括夷则之弟夷实建白鹿洞，以及万寿岩、白鹤岩、鸿山寺等等。后来又有文章将鹭岛上所有古今寺岩堂院都纳入唐时陈氏家族所建，由十五座上升至二十四座，并称将唐时的“南方岛国”建成为“南方佛国”。如上所说，唐时传称“岛国”乃至“佛国”的盛史，却于正史以至各级类的地方史志均无所闻。不仅如此历史盛事于史无考，就连首迁鹭岛的陈夷则，以及所传陈俦、陈僖、陈元通等人的名字、官称等等也未见史志有所记载。

综观陈《谱》乃至后人种种传说，不仅于史无稽，更与当时社会历史发展的客观存在不相容。正如《福建史稿》引述黄宗羲批判古今《族谱》伪造历史所称：“氏族之谱……大抵子孙粗读书者为之。掇拾讹传，不知考究，抵牾正史，徒诒蚩笑。”正如此说，故对传闻陈氏家族在鹭岛开建许多寺岩之说，均给予存疑不取，并就诸寺岩开山首建的历史真实为证，以还历史真面目。再说《谱》说从夷则三世盛传至十一世陈肇之后，便至寂然消沉下来，至宋、元时代，很少见有南陈家族在鹭岛有所作为的文字记载。正如道光版《厦门志》中所称：厦门“宋名嘉禾里”；“自宋以上无可考”。这里所称“无可考”，自应包括中唐陈夷则举族迁岛之说于史无考在内。正以其于史无考，故此为修篡《志书》所不取。

后唐以至北宋时期，是厦门地区佛教，从始兴走向全盛的历史阶段。同安地区自然经济的开发与发展，为佛教发展奠定了厚实的社会经济基础；闽王政权的崇尚佛教，更成为促进佛教全面发展的动力。因此，从同安建县后的数十年间，便在同安所属地区，兴建了大小寺院30多所。这些寺院的建设，大体可分为三种类型：其一，官府倡建的大型寺院。如将县治附近大轮山的“泗洲院”，大规模扩建为“兴教寺”，作为振兴同安佛教的首刹。至北宋熙宁二年（1609），大规模扩建兴教寺，改称“梵天寺”，据传有72庵（院）。同时又将“黄佛寺”扩建为可住僧八、九十人的“天兴寺”。以及后唐高僧义安住修的夕阳山山岩，改建为“真寂寺”。此外，建于唐、宋间还有梅山寺、拱莲寺、资福寺等7座。这些散见郊野的小寺，一般也为官绅所倡建或僧人谋建。其二，为宗族迁民建于族居所在地的佛院。如王氏集居北辰山下的北山院（岩），后溪珩山（豪山）的圣果院，叶氏居地佛子岗上的佛岗院，鹭岛南陈居地薛岭下的觉性院等等。至北宋间，此类佛院共11座。其三，为高行德僧于林泉深处，依岩结茅住修的山岩。如北宋僧岩居五老峰下的无尽岩，以及内陆地区的雪山岩、太华岩、慈云岩等共8所。

上述官倡或族建的寺院，大都有官拨或族捐的大量寺产或田租。如圣果院初建时，即由王氏宗族拨给田租120石，后又增拨土地50亩，作为佛院香灯和祭祀祖先王祠之资费。梵天寺全盛时，即有田租二、三千石，可供数百住僧坐享丰厚田租的优裕生活。然而好景无常，迄至南宋，由于官府加重寺院国课。梵天寺田租收入不足以应王租，依靠田租生活的寺僧，不得不星散流离，寺院因之凋落衰败。正如朱熹咏梵天寺称：“输尽王租生理微，老僧行乞暮还归。空山日落无钟鼓，惟见虚堂蝙蝠飞。”盛极一时的梵天寺，不上百年，便落得如是凄凉寂寞。诸多寺院亦难免同此厄运，令人有盛事无常之慨。

上述为厦门佛教史上，首次出现的大起大落的兴衰变化。造成此一盛衰变化的缘由，客观上应是受到时代历史社会、政治、经济兴革的直接影响。但对佛教徒自身在历史变革中所起消极作用，自亦不容忽视。如当寺院富有田租，许多寺僧在安享优裕生活时，便放弃“一日不作，一日不食”农禅自给的佛门优良传统生活，以致一旦失去田租，便只好四散另谋生路，从而加速佛门的衰败。

元代蒙古族入主中原，崇尚喇嘛教，对汉族存在种族歧视，对汉人出家僧尼规定要灸烧顶，热香疤，以示有别于“喇嘛僧”。后来因循成习，有些奉佛的人也以热顶、燃指作为虔心供佛的苦行，但也因此造成出家人数锐减，一些寺院也由此废圮。如同安真寂寺、梵天寺等均废于此时。

明代，随着时代历史的变革，厦门本岛以其陆港口岛屿的地理优势，开始走向历史发展的新时代。

明代励行“禁海”，酿成海上武装走私集团的猖獗活动，逼使明王朝不得不在东南沿海加强海防建设。于是厦门本岛便一跃成为泉州沿海海防要塞之一。洪武二十七年（1394）在岛上建立中左所城，从漳州内陆等地，征召屯兵驻守，称“千户所”。明代中叶，西方殖民者舰队东来，频繁窜扰东南沿海，使海防形势更加严峻，厦门岛上也因此加派重兵防守。及至明季隆庆年间（1567），明王朝终于被迫开放漳州月港为海外通商口岸。厦门作为月港外港门户，外国商船由此入口往来络绎不绝，厦门地名专称，由此确立称传至今。由于厦门港口位置接近外海，航运往来更加便捷，不久便取代月港，成为明末对外开放唯一大港。海内外客商云集，港口外向型的综合经济，随之繁荣发展乃至盛极一时。

厦门本岛佛教，明代以前除南陈入迁首建觉性院，以及五代僧清浩和北宋僧文翠先后在五老峰下无尽岩住修外，此后再未见有内地僧人进岛营建寺岩住修的任何文字记载。直到明初，厦门建城后进行历史性的全面开发，本岛佛教才随着逐步发展兴盛起来。标志明代鹭岛佛教始兴的第一所寺院，为明初断臂和尚觉光募建的普照寺。关于断臂和尚建寺之说，明人何乔远在其《闽书》中，误将断臂和尚与北宋僧文翠合为一人，称：宋断臂和尚建普照寺。此后池显方在《大同赋》、以及清道光《同安县志》、《厦门志》均因同此说。按北宋厦门佛教全盛时，尽管地方上有不少官府或盛族捐建的富有田租的寺院，可供僧众安住，但仍有一些严持梵行净修的高僧，厌薄如是富闲的寺院生活，独自退隐深山，依岩结茅苦修禅行，这是厦门佛教许多山岩构筑的来源。宋僧文翠，应是此类高僧之一。据旧府、县志《文翠传》中称，宋僧文翠居五老峰下住修，改泗洲为无尽岩，并附有尉滕翔赠文翠诗云：“海翻波浪绕危峰，无尽岩前世界空。不是灰心求佛者，片时难耐寂寥中。”可见文翠是一位自甘寂寥的诚心学佛者，绝不可能在深山岩居后，又复改变初衷，下山募资建寺。

经查诸多有关地方史志文献，基本澄清了断臂和尚建寺的历史真相。断臂和尚，明初同安天兴寺僧，法名“觉光”，俗姓宋，同安大嶝岛人。因倡修“燃指断臂”奉佛的苦行，被县官视为邪教异端，将其流放鹭岛。进岛后，初居五老峰下无尽岩旧址，并题“息心断臂”四字，镌于岩壁，以自白其所以断臂奉佛的衷诚。因蒙负“流放”罪名，不以法名自称，仍以断臂和尚见传。后得岛上南陈宗族的支持，捐资献租于无尽岩下建普照寺（现南普陀寺法堂旧址）。明崇祯间，太常寺卿林宗载在其《寺租还寺碑记》中曾有：“至断臂禅师，而租乃大旺”之句。后来这些田租屡被豪右占卖，乃至“钱粮不足以供国课，岁入不足以供香灯。”许多寺僧相继离去。至崇祯间，仅存老僧了蕴亦将去寺离去，林宗载目见此景，乃将其子所购寺租全部捐归寺院，并立碑记载其事（碑现存南普陀寺左廊）按碑文所指的断臂禅师，自当是相距立碑时间（崇祯十三年，1640）二百多年前的明初觉光，决不可能是相距近三个朝代，五百七十多年前的宋僧文翠。

南陈家族，在献租兴建普照寺后，又大规模扩建觉性院。奉请高僧住持，至永乐年间（1403—1424）圆镜禅师主持觉性院时，住僧多达八、九十人。

明代鹭岛佛教寺岩的建设与发展，除普照寺和觉性院，借助于地方盛族的捐施而拥有一定的寺租外，其余寺岩，大都由陆续进岛的内地僧人，利用岛上诸山奇石丛立、岩洞罗布的特点，首先就岩安顿，然后募资于岩侧构建堂院住修。这些山岩佛院，大都以岩见称。计自有明一代，岛上先后建有云顶岩、万寿岩、寿山岩、醉仙岩、虎溪岩、白鹿洞、白鹤岩、万石岩、中岩、太平岩、紫云岩、石泉岩，及鼓浪屿的日光岩等13所。此外，另有一所建于近郊山坡上的鸿山寺。这些岩寺，一般都是一代师尊开山，历代师徒共住，成为后代门徒相承的子孙寺岩。

明代同安内陆佛教，因受鹭岛佛教兴盛发展的影响，原有一些寺院山岩，大都得到兴修或复建。此外，还新建几所小寺院。据不完全统计，明代同安寺院，以寺称的有梵天寺、天兴寺（一度建后又废）、梅山寺、真寂寺、拱莲寺等共10座；院称的有北山院（岩）、圣果院、佛岗院、明觉院等10所；山岩有雪山岩、太华岩、慈云岩等7所；此外还有新建的承汉阁、贞素堂、石佛寨、大佛寨等。

明末，厦门有一批志节高洁的文人学士，他们之中有不满时政归隐林泉的退职官员和厌薄功名、不求仕进的雅士。他们游聚于岛上山岩幽壑之间，与高僧隐士谈禅论道，往来无间。有些人还亲自参与拓建寺岩，直接促进与推动佛教的传播，使厦门岛的佛教进入全盛时期。

清初郑成功据厦抗清时，东南沿海有一批忠臣义士流寓厦门，他们怀着家国沦丧之痛，与地方文人志士相结交，徜徉幽壑之间，悲歌当哭，其中著名的如叶后诏、徐孚远、林蕾、姚翼明、卢若腾、沈亻全  期、冯澄世等，与厦门名士纪许国、池显方、阮文锡、杨能元等友好相交，往来虎溪、鹤岭、仙岩、鹿洞之间。探幽揽胜，参禅论道，有些人更因此削发出家，遁入空门，如阮文锡、姚翼明、杨秉机、谢元忭、林英、纪保国、刘子葵、涂仲吉、唐显悦、任延贵、洪恩、陆昆亨、骆亦志、吴亦通等。这些文人志士的托迹山林，以至削发出家，促进寺岩的开拓和建设。

清顺治十八年（1661），郑成功东渡台湾，清兵占据金、厦实行“迁界”，许多寺岩随即毁于兵燹，使刚登上全盛顶峰的鹭岛佛教跌入低谷，遭受毁灭性的破坏。

清康熙二十二年（1683），靖海将军施琅统一台湾后回驻厦门。厦门逐渐由军事要塞发展成为东南海域的港口重镇。清初被毁的许多寺岩，陆续得到恢复重建。康熙年间（1662—1722），施琅重建扩建普照寺，改名“南普陀”；水师提督吴英倡修虎溪岩、白鹤岩、大观院等；提督蓝理重修万石岩。至乾隆年间（1736—1795），不仅原有寺岩全部得到复建，同时还增建两座颇具规模的海蜃寺和瑞晃庵（后改称“法海院”）。

清代的厦门佛教，并没有因佛寺的恢复和扩建而复兴，相反的却日益衰颓凋落下来。清初，对于寺院的建造和僧尼的出家都有较为严格的限制，如不准任意建寺或毁寺，不许私度僧尼。规定度众出家要经批准，一律由官府发给度牒，对于私建寺院和私度僧尼都要受法律制裁。但自乾隆四年（1739）以后，私度出家现象严重，一时难于控制，清政府乃于乾隆三十九年（1774），宣布取消官给度牒制度，准许自由收徒度众。于是出现寺僧滥收徒众的流弊。如临济宗寺僧正圆，收度徒众16位。正圆的徒孙鉴源收度徒众18位，此后几代的法子徒孙，收度弟子都在10人以上。如此乱收滥度，难免鱼龙混杂，产生一批寄身佛门混饭的“食僧”。这些僧人，文化素质不高，佛学禅修不足，而以谋财为务。他们或追逐经忏为生，或假托募化为名，还有寺僧抛开清静的山岩佛寺，进入闹市经营主持香火鼎盛的神道宫庙。据《虎溪派系祖字簿》记载：自嘉庆初年（1797—1809）虎溪岩第五代寺僧真密主持朝天宫开始，此后有许多僧人进住神道宫庙，以追求香火收入并形成风气，据清末民初统计岛上住僧宫庙达30多座。

“住宫和尚”的盛行，是厦门佛教的一大流弊，形成此一现象的因素，与厦门的社会经济文化发展特点相关连。近代以来，厦门发展成为海内外交通枢纽的港口商埠，五路客商云集，沿海各地移民增多。许多来自闽南沿海的居民，都把原来崇尚鬼神的习俗带入厦门，于是在厦门的市区和村社，建起100多所崇祀杂神的大小宫庙，迷信风行，到处宫庙香火旺盛，香资收入丰裕，山岩佛寺却因之受到冷落。一些难耐山岩清苦生活的“食僧”，乃相率下山，弃佛门的清修以就鬼神的“庙食”，助长民间迷信的歪风，授人以“谤僧毁佛”的口实，招致佛教衰败的不良后果。

近代初期，厦门佛教衰败的另一原因是出家人数的锐减。近代以来，厦门社会经济有了进一步的发展，各地流入厦门谋生的人口遽增，但却很少有人愿意出家为僧。据清末有关资料反映，当时厦门岛60多位寺僧中，几乎是内地出家后移住厦门的，厦门本地出家极为稀罕。近代的厦门，一方面是男众出家的僧众越来越少；另一方面却是女众带发出家的菜姑越来越多，大部分的菜姑，文化知识低，佛教素养差，对迷信鬼神的观念较为浓厚，因此对弘扬发展正信佛教，产生相反的作用。

近代外国宗教和内地的外道教派在厦门的广泛传播，更使逐渐衰落的厦门佛教受到冲击。

清末民初，先后从莆田、福州等地传入先天、龙华、金童等外道。这些外道在厦门遍设神坛斋堂，进行传道活动，由于他们崇奉的神佛和崇拜的仪式与佛教相近似，不仅吸引许多一般信徒入教，连一些出家受戒的菜姑也受其迷惑而参与外道活动。

外国的宗教和外道的传播，不仅使佛教的一部分信徒动摇以至放弃信仰，转向洋教，改信外道，同时也加深社会对佛教的误解和歪曲，增加佛教沉重的社会压力。清末民初，社会上兴起一股“庙产兴学”以至“毁寺逐僧”的浪潮，使老成凋谢的佛教，濒临“覆灭”的危机。

清末民初，厦门出了几位卓有远见的高僧，抱着振兴佛教的宏愿，开始重修废寺，整顿佛门，并广弘佛法，振昏启明。首倡者为喜参和尚。清光绪十九年（1893），喜参在重兴漳州南山寺后，应聘来厦门住持鸿山寺，目睹寺宇年久失修，即积极募资重建。光绪二十一年移锡南普陀寺，着手整顿寺规，引导寺僧行持参修，同时四出募集巨资重修大雄宝殿和僧寮。光绪二十七年，喜参特别邀请浙江天童寺净心和尚来厦门弘法，传授戒律规仪，在南普陀寺举办三坛传戒法会，受戒缁素弟子甚多，影响深远，连当时的厦门道台刘庆芬夫妇也慕名皈依座下，使寂落沉晦一百多年的厦门佛教，开始萌发新的生机。

民国初年，有一批厦门僧人远渡重洋到新、马募化。民国二年（1913），由释转初、转道、转岸等法师为重修寺院出国募集资金，也为闽南僧人首辟蹊径，并在新岛首建第一座汉传佛教寺院普陀寺，为闽南僧人出国弘法往来南洋提供住锡之地。此后，闽南僧人频繁往来南洋募化，为厦门地区佛教事业建设开辟新的资金来源。转初法师等募集巨资回国开始重修南普陀寺及太平岩等寺院。

民国三年（1914），转初在南普陀寺创办旃檀学林，被推举为林长，并亲自授课，为发展厦门僧伽教育奠下基础。

近代厦门佛教发展臻于鼎盛，一度成为全国佛教改革的基地、僧伽教育的中心，缘起于民国九年（1920），即转逢和尚住持南普陀寺之后。当时，南普陀寺在喜参和尚的多年经营下，香火渐盛，僧众日增。在转逢住持期间，进一步严整规仪，率众梵修，恭请知名法师圆瑛来寺开讲《楞严经》，聘任法师性愿主办景峰佛学社，以培育僧材。民国十三年，转逢以南普陀寺一向是临济喝云派下的子孙寺院，无法广延十方高人，振扬佛法，遂倡议将子孙传承的南普陀寺献为十方选贤的丛林，得到喝云派系诸山长老和两序僧众的支持，随即制订《十方常住规约》二十条，并通过选举闽南名僧会泉和尚为首届方丈。越年，转逢和尚又协助会泉法师创办闽南佛学院，招收全国十方学僧入院修学。

民国十六年（1927），会泉法师三年任满告退，推举一代高僧太虚大师来厦继任南普陀寺方丈，兼闽南佛学院院长。当时，太虚大师是倡导全国佛化教育、推行佛教改革的著名导师，被全国佛教界推为汉传佛教领袖。他受聘来厦时，随带他的得意弟子大醒、芝峰等法师，负责闽南佛学院教务工作。太虚及其弟子来厦后，即将南普陀寺和闽南佛学院，作为他们推行佛教改革、发展佛化教育的实验基地。一方面严整寺规，提倡“现代僧伽”，同时创办《现代僧伽》季刊。揭露佛门存在的弊病，疾呼要拯救佛教，建立现代佛教并以此化导现代社会。在佛学院教育方面，要求学僧要严守戒规，刻苦修学，以培养“现代僧材”为目标，锐意教学改革，不断提高教学质量，使闽南佛学院很快成为全国比较正规化的闽南佛教高等学府，并以修学质量高越而驰名中外。

闽南佛学院办学多年来，一直没有闽南藉的学员，教师和学员，全都来自外省。当时学院领导认为闽南籍的出家人大都文化程度偏低，听不懂普通话，因此不收本藉学僧，引起闽南各地佛教界人士的不满。民国二十三年（1934），弘一大师来厦门讲学，常惺、瑞今等法师向大师反映这个情况，大师倡议可以另办一所适应闽南僧人文化程度的初等佛教学校。常惺、会泉法师同意大师的建议，经一番筹备，并到晋江草庵向大师汇报，得到大师的赞同，并亲自书匾，定名为“南闽佛教养正院”，于是年冬正式开办。

20世纪20年代初，厦门居士佛教的兴起，突破历来以僧团活动为中心的佛教社会格局，开始出现以佛教居士为主的弘教活动群体。民国十三年（1924）春，厦门有一批佛教青年居士，发起组织“闽南佛化新青年会”。青年会骨干均为当时思想比较进步的革命青年居士。其中一部分是参加辛亥革命同盟会的青年会员。他们对佛法教理都有较深刻的认识，因而抱着弘扬正信教义、建立现代佛教、净化人间、改造社会的宏伟誓愿，积极开展佛化宣传。他们组织“佛化新青年世界宣传队”，创办《佛音月刊》，深入厦门各阶层以至漳州、泉州各地，开设讲座，广泛宣传佛学知识，弘扬大乘佛教精神，破除民间世俗迷信。同时倡导创办佛学教育和佛学机构。他们的活动，有力地促进闽南佛化运动的深入发展，从而取得闽南佛教界缁素人士的支持和积极的配合，在社会上产生很大的影响，对厦门佛教的振兴，起着很大的促进作用。

民国二十年三月（1931），由厦门缁素人士联合发起组织的“思明县佛教会”正式成立。从此，厦门佛教开始走上有统一组织领导的轨道。教会成立时，闽南佛化青年会集体加入佛教会。全市登记会员总数228名，推选时为中华佛教总会会长的太虚大师为会长，执行委员和监察委员有释大醒、性愿、瑞今、转逢、会泉和居士蔡吉堂、冯重熙、虞愚等16人。

佛教会成立后，即将“弘法利生”和“整顿教规”列为会务工作的两大要务。弘法利生工作，主要是组织定期念佛会、演讲会，举办各种不定期的普利法会，创办《会刊》（后改为《佛教公论》月刊），设立佛教经书流通处，开展佛学研究活动，举办各项社会慈善福利事业。

整顿教规，重点在于寺岩住僧日常修持生活的考察和管理，如发现有违反住寺戒律规仪行为，即通过佛教会组织给予申斥，即令纠正，或在佛教刊物上进行公开批评，如有严重违犯规戒的僧人，则配合地方政府将其摈逐出境。对于存在带有普遍性，对佛教以至社会有不良影响的现象，由佛教会拟文报请有关部门明令申禁，如取缔僧众沿街化缘；禁止僧人奇装异服参加送殡；严禁寺僧容纳游客在寺岩范围内聚赌、饮食酒肉、挟妓、吸毒等非法活动；禁止地方小寺男女住众混居等。

20年代初，十方丛林的开建，佛学院的创办，居士佛教的组织和佛教会的建立，是推行厦门佛化运动有力的措施，也是促进厦门佛教健康发展趋向全盛的主要动力。

民国二十四年（1935），同安佛教界人士联合成立同安县佛教会，聘请南普陀方丈会泉法师为会长。会泉法师推荐南普陀寺会机法师为梵天寺住持，并主持佛教会工作。

民国二十六年（1937）抗战前夕，闽南再次出现僧人出国弘法的热潮。首先性愿大法师应菲律宾华侨居士的邀请赴菲主持创建菲国第一座佛教寺院——信愿寺，被誉为菲国佛教开山祖师。此后又延请厦门瑞今、善契等法师前往助化。与此同时会泉大法师及其弟子宏船法师，以及常凯、广洽等法师先后前往新加坡传教，并在新加坡兴建多座寺院，有力地推动新加坡佛教事业的发展。从此，菲、新、马三国成为闽南僧人出国弘法的重要基地，以及募化资金支援闽南地区佛教建设事业的主要来源之一。

抗日战争期间和抗战胜利后，厦门佛教从战前的全盛开始走下坡，以至趋于低落。

抗战全面爆发后，战火迫近厦门，一批知名的爱国僧侣和居士，纷纷撤离厦门，有的飘洋出国，有的避入内地。至厦门沦陷，留在本岛的寺僧仅78人，其中一大部分是外省籍的闽院教师和学僧，当时他们的原籍也正弥漫在战火中，只好滞留岛上。

厦门沦陷期间，日本侵略者利用佛教宣传来麻痹民众的反抗情绪，制定一系列对寺院和佛教徒的宽容政策，同时指使一大批来自日本和台湾的佛教徒，广泛结交笼络厦门佛教界知名人士和广大佛教信徒，拼凑组织“厦门大乘佛教会”（原称“大乘佛教青年会”）。一些厦门佛教界缁素人士，为了自身的安全和宗教生活的安定，表面上表示愿意“积极”参加教会活动，但多数只谈佛法，不问政治，如居士蔡吉堂，虽被迫请进“大乘佛教会”担任副会长和常务理事职务，但在教会公开活动谈话中，除宣扬他一贯主张坚持正信，反对迷信，建设佛化家庭的佛教思想外，绝口不谈侵略者利用大肆宣传的所谓“同种、同文、同信仰、中日亲善”等话题。有些爱国佛教徒还利用合法“保障”，另外组织佛教小团体，团结其他佛教界人士，开展“念佛不忘救国”，以及超度抗日阵亡将士和死难同胞等法事活动。如居士马乾骅、柳正松、蔡善解于民国三十一年（1942）组织日光岩念佛会，会友多达500多人；居士苏谷南、黄子翚等也组织地藏法会开展正常的佛教活动。据《大乘佛教会刊》民国二十九年（1940）统计，教会登记会员总数虽达1300多人，但其中称得上“四众弟子”的真正佛教徒还不到15%，日伪时的大乘佛教会纷纷扬扬，喧闹一时，却挽救不了其昙花一现，最终失败的命运。迄至抗日后期，侵略者自食恶果，陷入穷途困境，岛民因之倍受其虐，沦于水火之中，佛教缁素人士自亦难免其祸，萧寺冷落，僧徒困顿，厦门佛教随即趋于衰沉没落。

民国三十四年（1945），抗战胜利，厦门光复。日本佛教传教师和日、台籍佛教信徒陆续撤回本土。与此同时，战前避居内地的缁素人士纷纷复员返回厦门。泉州、漳州两地的佛教会，分别委派代表释广义、广心等组织人员来厦门接收寺院和大乘佛教会的组织机构。经过整顿，是年末筹备恢复战前“中国佛教会厦门分会”组织，推举释广心为复会首届理事长，组织登记会员122人。翌年初，复办《佛教公论》会刊。同时，对南普陀寺进行整顿充实，推举释广心为方丈，广义任监院。其他各寺岩在市佛教会的统一领导下，也通过整顿，全面恢复。惟因沦陷多年，历经风雨摧毁，寺宇破损失修，住僧斋粮难继，有些教会员工也挣扎在饥饿线上。市佛教会为此积极与海外诸善信联系，呼乞救援，并向厦门当局有关部门申请救济。民国三十五年（1946）一年间，先后多次得到厦门救济总署和菲律宾中华佛教会侨僧性愿、如满以及华侨善信捐助的救济款项、物资和药品。此外，佛教居士如陈成宗（出家后改名本宗）等，也发起开办社会救济，通过“益同人”公会，进行施医、赠药、施粥以救济贫困灾民。

战后，厦门佛教由于得到海内外缁素人士的大力支援，有一定程度的恢复和发展。如重修寺宇，复办佛教养正院和《佛教公论》月刊，创办觉华女子佛学苑，民国三十七年（1948），还在南普陀寺举办盛况空前的三坛传戒大法会。同时，在居士佛教方面也有较大的发展，一些居士组织团体，如佛学会、念佛会等都先后恢复活动，但终因时局混乱，经济困难，未能有较大的发展。

1949年，厦门解放。新中国建立后，厦门佛教界开始对中共政策不了解，存在疑虑，一度消沉，有些僧人还因此出国到南洋去。后来，通过政治学习，提高认识，稳定情绪，积极参与抗美援朝和各项爱国主义运动。

1951年，原厦门市佛教会通过社团登记，实行改组。1952年，联合原佛学会等组织，统一成立厦门市佛教协会，推选释二埋为主委，释会觉、广心和居士蔡吉堂为副主委。当时同安仍属于晋江（泉州）专区管辖，于1952年分别成立同安县佛教协会。

居士佛教，也有较大的发展。1952年，联合原妙香精舍和晃潮精舍等居士组织，统一建立厦门市佛教居士林，推选李鸿光、柳正松为正副林长。

从1950年至1958年，厦门佛教界在地方党政有关领导部门的正确领导下，开始出现新的发展趋势，但进入1958年，在“左”的政治浪潮冲击下，厦门佛教并寺集中，一些僧侣和居士受到打击。有些寺僧和菜姑被迫离开佛门，还俗另谋生路。60年代中期，爆发“文化大革命”。厦门佛教在“破四旧，立四新”的极左浪潮中，首当其冲，遭受摧残，寺废僧散，一切正常的宗教活动被禁绝，许多佛教徒受到不同程度的批斗。然而，大部分真正的佛教徒，并不因此而动摇对佛教坚定的信念。

80年代初，政府重新全面落实宗教政策，对在“文化大革命”中受到打击、迫害的佛教界人士进行纠正平反，恢复正常的宗教活动。1985年，南普陀寺恢复丛林制度管理，推举妙湛和尚为方丈。十多年来在妙湛的辛勤经营下，南普陀寺扩建法堂、院舍、学院教学楼、图书馆、师生宿舍、普照楼、上客堂、功德堂等。海外著名居士南怀瑾及其弟子捐资40万美元新建规模宏伟庄严的大禅堂。1994年底创办南普陀寺慈善基金会，并在大禅堂前新建一栋恢伟堂皇的慈善大楼。全寺扩建面积比原有建筑增加一倍以上。

早在二、三十年代驰名中外的闽南佛学院，停办将近半个世纪。1985年，在中国佛教协会会长赵朴初居士的直接关怀下，并得到新加坡佛教总会会长宏船老法师的大力支持，开始复办，并且改变以往只收男众出家学僧的旧规，增设女众班，招收出家女众入学，并在1996年在金榜山宝山岩旧址新建紫竹林作为女众学部。紫竹林学部建有教学大楼、尼众住宿楼苑、法堂、大殿、以及图书大楼，成为一所各项教学设备齐全的现代化学府。多年来，面向全国，先后招收男女学员七百余人，至2003年已有八届毕业学员。毕业后学员，除部分留在本院任教和从事佛教会工作外，其余分配到省外各寺院担任执事管理或佛学院教学工作。

经历十年“文化大革命”的浩劫，佛教寺院男女出家二众一度濒临断层危机。80年代初落实政策后，有一批原来被迫还俗的寺僧和菜姑，重返佛门。同时，又新吸收部分男女青年教徒出家，并招聘部分佛学院毕业生和外来僧尼，以充实加强对寺院的管理。到2003年不完全统计，全市住僧总数达800多人（包括学僧400多人），出家女众（包括部分尼僧）200多人（包括佛学院女众部学员），出家二众总数，远远超过历史最高水平。在家奉佛的男女居士，仅参加居士林组织登记的会员总数2000多人，同样也居厦门佛教史之前列。

1958年并寺和十年动乱，厦门许多寺院庵堂被驻军或其他单位和个人占借以至拆建，有些寺宇因年久失修，破落倾危。落实宗教政策以后，通过佛教协会组织出面和有关宗教领导部门的支持配合，先后落实寺院所有产权回收的寺院（包括堂、宫）共10多座，索赔拆建费和租金6万多元。

1986年以来，地方政府先后拨款300多万元，支持寺院建设，南普陀寺等自筹资金570万元，接受海外华僧和善信捐资690多万元，三个方面的集资共达1500多万元，先后翻建或扩建的寺院（堂）有南普陀寺、普光寺、鸿山寺、天界寺、虎溪岩、万石岩、妙清寺、普愿堂、净莲堂等12座。而由海外华僧集资大规模地扩建的有普光寺、万石岩、虎溪岩、鸿山寺等，几乎全市所有佛教寺院，都得到不同程度的翻修增建。在20年的时间内，岛内外所有佛寺全都焕然一新，实在堪称厦门佛教史上的一大盛事。

厦门有不少寺院，坐落于风景幽美、历史文物丰富的旅游胜地，是海内外信徒和旅客游览的热点，如南普陀寺、万石岩、日光岩、虎溪岩、同安梵天寺、梅山寺等，都是中外人士来厦门旅游参观必到之处，仅南普陀寺年均游客流量约达200万人次。其中不少为来中国访问的国家元首、高级官员、驻外使节以及社会名流、财团贵宾等，为弘扬现代中国佛教作出重大贡献。特别是中外佛教界知名缁素人士的频繁来访，使厦门成为中外佛教交流的一个重要窗口。

1994年，同安梵天寺重建工程拉开序幕，短短几年间一座气势恢弘的梵宇琳宫展现在大轮山下，再现这一历史丛林盛貌。同安梅山寺也进行了较大规模的重建与扩建，特别是在寺右岩上雕着了几十尊石窟佛像，成为厦门地区佛教一大奇观。此外据实地调查同安地区有40多座大小寺院庵堂都得到不同程度的翻建和扩建。1987年，原普光寺派下、旅居新加坡侨僧广余法师募集巨资，托付其传法弟子安景法师主持翻修兴建普光寺，总投资人民币1000余万元，建筑总面积5100多平方米，完全按照汉传中等寺院的格局营建。1989年，旅居新加坡华僧释广安在乌石埔为其女弟子普愿、普照创建雪峰精舍，1992年因市政建设需要，另择仙岳南坡拓建雪峰寺，居高临下，巍峨壮观。1994年，厦门市佛教协会常务副会长定恒法师募集巨资，历经十年艰难创业，在本岛仙岳山东麓创建大型寺宇观音寺，包括大悲殿、万佛宝塔、五观堂、香积厨、山门等建筑群，总建筑面积近9000平方米，其中万佛宝塔十三层，通高78米，恢伟瑰丽，挺拔俊秀，填补了厦门地区有大寺无高塔的历史空白，被称为“厦门佛教第一高塔”。1997年，厦门居士林翻建内武庙大殿，并在殿后新建一栋四层居士林楼苑，结束了厦门居士佛教50年有“林”无“居”的历史。1998年，一批老年尼师自发集资在海沧新建一座佛圣寺，成为海沧唯一一座尼众道场。

1995年12月19日妙湛和尚圆寂，经南普陀寺两序大众推举，报请政府有关部门批准，礼聘全国政协常委、中国佛教协会副会长圣辉大和尚俯任南普陀寺第九任方丈并兼任闽南佛学院院长，于1997年3月26日举行升座典礼。大和尚就任后对整顿丛林禅寺道风建设十分重视，亲自率领两序大众上殿过堂，整树丛林清规，使寺院精神面貌焕然一新。对闽南佛学院的学风建设进行整顿提高，如倡导学僧修学并重，有效地提高教育和教学质量。同时增设学院研究生班，完善紫竹林学院女众部建设，使闽南佛学院成为全国男女学部兼备、设施完整、教学质量较高的知名佛教最高学府。

厦门南普陀寺慈善事业基金会，1994年12月14日，在原厦门佛教协会会长、南普陀寺住持妙湛老和尚亲自倡导下正式成立，是中国大陆第一家以佛教界人士发起并且具有法人资格的慈善机构。1995年加入中华慈善总会，为总会的创始会员和特邀理事。圣辉大和尚在1996年接任基金会会长后，对巩固发展基金会事业做了大量工作。七年来，在其领导下，无论在希望工程、助残扶困、安老慰孤、赈灾救难上，还是在义诊施药、放生护生、印经弘法等方面都取得了显著的成绩。圣辉大和尚多次亲自带领基金会同仁深入全国各地灾区、学校、医院、孤寡老人及贫困者家中慰问，给受助者送去一份佛门的爱心和关怀。基金会从成立至2003年底，向社会慈善捐款共1700多万元，兴建了19座“南普陀寺希望小学”，义诊40多万人次。多次得到党和政府的表彰，赢得社会各界的充分肯定。

圣辉大和尚在2000年连任南普陀寺方丈后又应众推选，以中国佛教协会副会长俯就兼任厦门佛教协会会长。在其任期内对全市各寺院进行道风整顿，举行厦门首届执事进修班，以提高执僧素质及寺院管理水平，改变全市寺院的道风、道貌；同时又应请为厦门佛教居士林的导师，引导在家居士皈依三宝，坚持正信以及开展弘法利生活动。在促进中外交流方面，他多次率领厦门市佛教人士出国访问，将厦门佛教弘化活动进一步引向世界。几年来大和尚为厦门佛教事业所作的贡献，有力地促进了厦门地区佛教事业全面、健康地发展，为二十一世纪厦门佛教进入高度发展打下坚实的基础。