厦、漳、泉闽南地区，是台湾移民主要祖籍地。现在台湾民间流行的语言，仍以闽南方言为主。明末清初以来，闽南大量移民涌向台湾，他们把在祖籍地的宗教信仰带到台湾衍传下来。据台湾当局1987年统计，全台湾登记的佛教寺院共1157座，其中，认同泉州安海龙山寺为祖庙的台湾龙山寺就有441座。在台湾最早的龙山寺，是建于清初顺治十年（1653）的鹿港龙山寺，由泉州僧肇善奉请安海龙山寺观音菩萨往台倡建。而规模最大最有影响的是建于乾隆三年（1738）的台北艋舟甲 龙山寺，曾经多次重修扩建。最大一次大修是在民国八年（1919），由从厦门往台的释福智（晋江人）倡修，请泉州名建筑师傅聚发和他的养子王世南精心设计，全面新修扩建，成为全台最为华丽的佛寺。

台北另一古老的佛寺剑潭寺，原名观音寺。据传说，创建观音寺的是厦门僧人华荣，他于康熙初年，从厦门奉请一尊木雕观音菩萨像去台湾，行经八芝兰的大直山东麓时，忽然有一条红蛇挡路，以为神灵显圣，就在当地搭建茅亭奉祀这尊观音菩萨，称为“观音亭”。此后声名远播，香火鼎盛，信众集资将茅亭扩建为壮丽的寺院，改称观音寺。日本占领台湾期间，将寺院迁建于北势湖附近，改称为“剑潭寺”。

明末清初，郑成功据厦抗清时，有一批明朝的遗老遗少避乱流入厦门。他们深怀国破家亡之痛，有些人即遁入空门，削发为僧，如林英、李茂春、张士郁等，这些人在厦门出家后，又随郑氏东渡台湾，他们在台湾虽栖身山寺，却与流寓台湾的明朝遗臣时相往来，由于他们的气节和文才普遍受到人们的尊崇，对始兴的台湾佛教有很大的影响。

台湾佛教是随着大陆的多次移民而发展起来的，与闽南的大批移民关系更为密切。长期以来，厦门与台湾的佛教交流往来频繁。民国初年，厦门会泉和尚多次应聘前往台湾讲经说法。民国元年（1912）七月，会泉首次应邀往基隆月眉山灵泉寺，开讲《金刚经》、《心经》和《大乘起信论》。九年再次受聘往台，在大同山龙湖庵讲《金刚经》，后又应请在超峰寺讲《大学之道》。十二年第三次应聘去台湾龙湖庵主讲《唯识论》、《心经》和《地藏经》，同时为数十名在家男女居士皈依授戒。二十二年又两次东渡。3月，在龙湖庵开讲《金刚经》和《起信论》，并为台湾僧尼传授唱念梵呗和拜万佛、做水陆法会及法事规仪。10月再度赴台主讲《地藏经》，并主持启建台湾佛教史上第一次的水陆大法会。法会后又为100多名在家男女居士传授三皈五戒，盛况空前，轰动全省。此行有20多位台湾僧人随其来厦门，进入他主办的“万石岩佛学研究社”修学。

会泉和尚多次赴台弘法，促进厦门、台湾两岸的佛教交流，自此相当一个时期，两岸佛教界人士往来无间，关系密切。

1949年以后，海峡两岸形成对峙局势，30多年间，两岸佛教之间的直接往来基本断绝，但旅居新、马、菲、港的原厦门佛教界人士，仍与台湾佛教保持密切的联系，如广洽、印顺等从南洋间道入台弘法；瑞今、宏船、演培、元果等，均多次赴台弘法或参与佛事活动。

1988年以来，台湾当局放宽政策，台湾佛教徒开始组团回大陆朝山拜祖或旅游观光。近年，厦门佛教协会多次接待回大陆朝山、拜祖、寻亲、旅游弘法的台湾佛教团体或个人，通过交往，增强两岸佛教的相互了解和友谊，促进两岸佛教文化的交流，并为促进祖国的统一，做出重要的贡献。

1992年7月，台湾佛教徒组织“能仁全国斋僧团”一行64人，来厦门举办“千僧斋”，拉开当代海峡两岸佛教界紧密交往的序幕。是年8月，台湾香光女众佛学院院长悟因尼师一行4人来厦与闽南佛学院交流教学经验。此后悟因尼师多次光临，并为闽南佛学院女众部在紫竹林的建校捐资200万元人民币。台湾前后来厦的佛教界著名人士，还有台湾圆光学院教务长惠空法师、佛学大师印顺长老。特别是在2002年10月台湾大德圣严法师率领一个由500人组成的“大陆佛教圣迹巡礼团”参访南普陀寺，受到圣辉大和尚和厦门佛教四众弟子的隆重欢迎，这一事件堪称两岸佛教界友好交流的一大盛事。是年台湾中坜圆光佛学院如悟法师带领该院第15期毕业生参修团来厦参访佛教寺院，并与闽南佛学院以“现代僧教育”为主题举行专题座谈会，同时拜会其师印顺长老。

1999年12月，同安梵天寺住持厚学老法师偕长净法师前往台湾慰问地震受灾同胞，同时拜会其师印顺长老。

2002年，圣辉大和尚代表大陆佛教界护送佛教圣物“佛指舍利”赴台供奉，并由闽南佛学院学僧20名组成护法二团前往，圆满地完成护送任务，进一步加强两岸佛教界间的友谊和人民间的交往。

2003年6月11日，全国政协常委、中国佛教协会副会长、厦门南普陀寺方丈圣辉大和尚率两序大众，发起倡议“海峡两岸暨港澳佛子，会集南普陀，以佛法之‘无缘大慈，同体大悲；观众生苦，发菩提心’，聚僧尼一千，居士一万，设护国坛、药师坛、普门坛，同诵《仁王护国经》、《药师经》、《普门经》”，举行为降伏非典国泰民安世界和平的祈福大法会，台湾佛教界热烈响应。7月10日，台湾佛光山开山大师星云长老、台湾中佛会净良长老、台湾世界佛教僧伽总会护持会主任委员、中佛会特别顾问郭俊次博士、台湾佛光山教育院院长慈惠法师（女）、台湾中华佛光总会署理会长慈容法师（女）、台湾南华大学教授依空法师（女）60余人出席大法会。郭俊次博士代表台湾佛教界在大会上发言，他说：在非典侵袭两岸四地的非常严峻时刻，海峡两岸人民“大家‘同病相怜’，没有仇恨，只有恩爱。两岸同胞，相互关心，互相加油，情同手足，血浓于水，关怀之情，祝福之语，溢于言表。中国人‘关照’中国人，非常感人”。充分肯定圣辉大法师大发慈悲，大行愿力举办这次大法会是一个“创举”，非常重要，非常有意义。台湾中台禅寺住持释惟觉致电大法会，其电云：“大陆福建省厦门南普陀寺方丈、圣辉大和尚道鉴：欣闻贵寺订于本年七月十日，为海峡两岸人民共同抗非典成功，并为不幸死难同胞举办消灾祈福暨超荐大法会，本寺亦秉持佛陀圣教，以慈悲心、平等心、至诚心，祈求三宝慈光加被，众生苦海永离，海峡两岸早日和平统一。逢此殊胜因缘，特申贺忱，并祝法会顺利，圆满成功。”