中国官方对佛教僧尼实行管理，始于十六国后秦弘始七年（即东晋义熙元年，405）。时姚秦王朝佛教鼎盛，长安僧尼数以万计，非常杂滥，后秦高祖姚兴设置“僧正”、“悦众”、“僧录”等官位，令僧人任职，管理全国僧尼事务。

南朝宋武帝永初年间（420─422），初设僧主位，后各地皆设僧正或僧主，管理当地僧尼。

梁武帝任《十诵》名家法超为都邑僧正，并欲自为白衣僧正。命法超撰《出要律仪》十四卷，分发境内，通令照行。同时极力倡导《涅槃》等大乘经的禁断肉食，并作有《断酒肉文》四首，严令僧徒遵守。

陈代诸帝效法梁武帝。陈文帝任僧人宝琼为京邑大僧正。陈宣帝命国内初受戒的沙门一齐习律五年。

北朝北魏道武帝信奉佛教，任赵郡沙门法果为“沙门统”，令绾摄僧徒。文成帝以罽宾（今克什米尔）沙门师贤为“道人统”；后又以凉州沙门昙曜继任，复称“沙门统”；至昭玄进称“沙门都统”，实行一元化的僧官制，以统御僧团。孝文帝太和十七年（493），更定僧制47条。

北齐文宣帝置昭玄寺，设大统一人、统十人、都维那三人，令管理佛教。

西魏文帝则建立大中兴寺，以道臻为魏国大统，大立科条，复兴佛法。

北周武帝废斥佛教。其后宣帝恢复佛教，选择有名望的沙门，须发冠服，在寺行道，并命智藏等长发为菩萨僧，任寺主。至于民间禅诵，一概不加干涉。

隋文帝统一中国，改变周武帝毁灭佛法的政策，允许人民志愿出家，修复毁弃寺院。建国初年，仿北齐制度，设置昭玄大统、昭玄统、昭玄都及外国僧主等僧官，以管理僧尼事务，隶鸿胪寺。地方僧官则有统都、沙门都、断事、僧正等。开皇二十年（600），诏颁“形象”保护法，规定凡有敢毁坏偷盗佛及天尊像者，以不道论；凡以沙门而毁佛像、道士而坏天尊像者，以大逆不道论。隋炀帝也笃好佛教，一方面大造寺宇，设无遮大会，度男女为僧尼，铸刻佛像，缮写佛经；另一方面对佛教实行限制，如令无德的僧尼还俗，规定寺院按照僧尼的数量保留，其余一概拆毁，造成因僧废寺的现象。

唐初，高祖李渊在京师聚集高僧，立十大德，管理一般僧尼。武德九年（626），令每州留寺观各一所，后因皇子争位未及实行。《新唐书•百官三》云：“唐置诸寺观监，隶鸿胪寺，每寺观置监一人。贞观中，废寺观监。上元二年，置漆园监，寻废。……初，天下僧、尼、道士、女官，皆隶鸿胪寺，武后延载元年，以僧、尼隶祠部。……后复置左右街大功德使、东都功德使、修功德使，总僧、尼之籍及功役。……会昌二年，以僧、尼隶主客，……至六年废，而僧、尼复隶两街功德使。”并规定：“道士、女官、僧、尼，见天子必拜。凡止民家，不过三夜。出逾宿者，立案连署，不过七日，路远者州县给程。……两京度僧、尼、道士、女官，御史一人莅之。每三岁州、县为籍。一以留县，一以留州；僧、尼，一以上祠部……。”唐代，僧尼出家归政府掌握，经审查合格后，尚需缴纳一定税钱方得度，然后由祠部发给度牒，作为身份凭证。《佛祖历代通载》卷十二：“天宝五载丙戌五月，制天下度僧尼并令祠部给牒。”僧尼以此可免除赋税、劳役。据《中国历代职官辞典》，唐文宗开成中（836─840），设左右街僧录，后因置僧录司，专掌佛教事。州府则由司功参军事管理。《二十六史大辞典•职官编》云：“司功参军事，唐州府所置七曹参军之一，掌官吏之考课、选举、祭祀、佛道、学校及表疏、书启等事，大略犹中央之礼部、吏部，及太常宗正、光禄、鸿胪诸寺与国子监之职掌。”

五代十国，北方列朝对于佛教多因袭唐代旧规，例行诞节诣寺行香、斋僧、僧道对论、赐紫衣师号、度僧等事，但对僧尼的管理比较严格。其管理机构，后梁属祠部，后唐设功德使。度僧严禁私度。后梁、后唐、后晋均明确规定，愿意出家者须入京师比试经业，同时禁新建寺院。后来因功令松驰，寺僧浮滥，直接影响国家赋税、兵役，因而招致周世宗废佛。后周显德二年（955）五月，周世宗下诏，令诸道府县镇村坊，非敕赐寺额者悉废之，所有功德佛像及僧尼，并腾并于合留寺院内安置。天下诸县城郭内，若无敕额寺院，只于合停废寺院内择留一所；边远州郡留两所。今后并不得创造寺院兰若。禁止私度僧尼，只两京、大名府、京兆府、青州各处置戒坛。僧尼出家必须通过严格的读经考试。止绝舍身、烧臂、炼指、钉截手足等残害肢体以及戏弄道具、眩惑流俗的行为。寺院因之废除过半。

南方裂土割据，势均力敌，大体相安。各国帝王多有浓厚的宗教信仰，对于佛教的造寺（以福建为例，下同。福建在闽王王审知统制时期，增建寺院267所，后改属吴越，27年中又增加221所）、造塔（闽王父子兄弟相继建造佛塔，如王审知在泉州建万寿塔，在福州建报恩定光多宝塔；王曦在福州建崇妙保圣坚牢塔）、造像（闽王审知冶铜铁三万斤铸释迦、弥勒诸佛像）、写经（闽王室后唐同光元年〔923〕一年即写金银字藏经五藏）、度僧（闽王延钧后唐天成三年〔928〕一年即度民二万为僧），不断促进佛教发展。据《福建通志》记载，闽王国还设置左右街大功德使，专门负责管理宗教事务。

宋代一反后周世宗政策，对佛教实行保护，以加强国内的统治力量。建隆元年（960），宋王朝一建立，即下令停止寺院的废毁，并由中央政府度童行8000人，派遣沙门行勤等157人去印度求法，差遣内官张从信往益州（今成都）雕刻大藏经版，促使佛教传播。宋真宗时期，放宽度僧名额。到宋神宗时（1068─1085），因年荒、河决等灾害频繁，国家财政困难，需用赈款采取发放度牒征费。原为权宜之策，后来继续执行，数量渐增，流弊益彰。徽宗政和七年（1117），鼓励僧徒“归心道门”，赐度牒紫衣。重和元年（1118），禁士庶妇女入僧寺。宣和元年（1119），诏佛改号“大觉金仙”，余改“仙人”、“大士”。僧为德士，尼为女德，命易服饰，称姓氏。寺为宫，院为观，即住持之人为知宫观事。所有僧录司改作德士司，左右街道录院改作道德院。而德士司隶属道德院。天下州府僧正司并为德士司。又诏许德士入道学，依道士法，强令佛教和道教合流，使佛教受到很大打击。北宋亡，恢复原状。南宋，政府益加注意对佛教的限制。高宗时（1127─1162）停止额外的度僧，僧尼数目自然减少。

宋代，道释籍帐除附，初属鸿胪寺负责，专门职能部门有：在京寺务司及提点所，掌京师诸寺葺治之事；左、右街僧录司，掌寺院僧尼帐籍及僧官补授之事。中兴后，废鸿胪寺不置，并入礼部。南宋寺院僧尼由礼部之祠部管理。《宋史•职官三》：“祠部郎中  员外郎  掌天下祀典、道释、祠庙、医药之政令。……凡宫观、寺院道释，籍其名额，应给度牒，若空名者毋越常数。……岁终校全失而赏罚之。分案五，置吏二十有一。”

元世祖忽必烈崇奉喇嘛教，在即位之前，即邀请西藏地区名僧帕思巴东来；即位后，奉为帝师，命掌理全国佛教。帕思巴圆寂后，其系法嗣世代为帝师。终元之世，每帝必先就帝师受戒，然后登位。元代管理佛教的机构，最初设总制院，即以国师为领导，后又设功德使司（简称“功德司”）。至元二十五年（1288），总制院改称宣政院，扩大管理职权，而且在各路设行宣政院，代替功德司的事务。僧官如僧录、僧正、僧纲等也都由宣政院管辖。天历二年（1329），正式罢免功德司归宣政院。至顺二年（1331），又撤消行宣政院，另于全国设立广教总管府十六所，掌管各地僧尼事务。元统二年（1334），革罢广教总管府，复立行宣政院于杭州。

元代，一度规定每寺住僧人数，将大量田地分配给寺院。各寺都设有总管府、提举司或提领所经管业务。同时，寺院还从事商业和工业。政府对于寺营的工商业，有时禁止，有时命其纳税。

明代政权建立之初，有鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持汉传佛教各宗派，因此喇嘛教在内地渐衰，而禅、净、律、天台、贤首诸宗遂渐恢复发展。明太祖朱元璋早年僧侣出身，对于佛教有意加以整顿。洪武元年（1368）即在南京天界寺设立善世院，命僧慧昙管领佛教，又置统领、副统领、赞教、纪化等员，以掌全国名山大刹住持的任免。三年，又召集各地僧耆，规定寺院为禅、讲、教（包括依瑜伽教修行及应赴佛事等）三类，要求僧众分别专业。对于僧人发给度牒，废除过去计僧卖牒的免丁钱，并命各地沙门讲习《心经》、《金刚经》、《楞伽经》三经。僧尼寺院初属礼部祠祭司籍领。洪武十五年，仿照宋制从中央到地方设置各级僧司、僧官。《明史•职官三》：“僧录司。左、右善世二人（正六品），左、右阐教二人（从六品），左、右讲经二人（正八品），左、右觉义二人（从八品）。……僧、道录司掌天下僧道。在外府州县有僧纲、道纪等司，分掌其事，俱选精通经典、戒行端洁者为之。”《明史•职官四》：“府僧纲司，都纲一人（从九品），副都纲一人。州僧正司，僧正一人。县僧会司，僧会一人。……俱洪武十五年置，设官不给禄。”僧官主要任务是监督僧众行仪及主管考试等。洪武二十五年，僧录司各僧官按级给俸，最高的月给米十石，最低的五石。并制定僧服色别，严格区分禅、讲、教三类。十七年，采纳礼部尚书赵瑁的建议，规定每三年发度牒一次，并加考试，不通经典者淘汰。二十四年，命各州府县只许保留大寺观一所，僧众集中居住，限各府不得超过40人，州30人，县20人。规定男子非年达40岁以上，女子非50岁以上者不准出家。复发布《申明佛教榜册》，通告全国，防止僧俗混淆，规定僧人诵经仪式和施主布施金额。又命各府州县的僧官，负责调查本地杂处民间的僧人实数，要求集中居住。二十五年,通知全国各级僧司编造僧伽籍册，拟颁布各寺，使互周知，名为《周知板册》。后以执行手续过烦而中辍。

明初，僧道度牒免费发给，但考试限制很严，私度因而激增。景泰二年（1451），因救济四川、贵州饥荒，采纳朝臣建议，实行收费发牒制度，凡僧道纳米五石者，给以度牒。以后相沿成习，直到明末。

清朝对于佛教政策几乎完全继承明代。其宗教管理仿照明初的僧官制度，在京设立僧录司，所有僧官都经礼部考选，吏部委任。各州府县僧官，则由各省布政使司遴选，报送礼部审批委任。《清史稿•职官一》：“礼部……祠祭……籍领史祝、医巫、音乐、僧道，司其禁令。”同安县在梵天寺设僧会司管理佛教事务。

初，天聪六年（1632），规定各庙僧、道由僧录司、道录司负责管理。凡熟悉经义、格守清规者，给予度牒。顺治二年（1645），宽免僧道度牒不必纳银。禁止京城内外擅造寺庙佛像，造寺须经礼部允许。已有寺庙佛像亦不许私自拆毁。不许私度僧尼。对于僧道，一律官给度牒。三年，严禁白莲、大成、混元、无为等教，以其烧香礼忏，煽惑人心，命都察院、五城御史、巡捕衙门，及在外抚按等官，如遇各色教门，即行严捕，处以重罪。九年，上谕僧道“已领度牒者，务宜格守戒规，穿戴本等衣帽，各居本寺庙敬供神佛。如未领度牒私自为僧道、尼僧往来者，及僧道、尼僧假装喇嘛穿戴衣帽往来者，定行治罪。其知情不报之僧道、尼僧亦一体治罪。”要求“理藩院确定京城附近寺庙居住喇嘛之徒弟数目，不许越理藩院所定数目，私自为其徒弟。”规定“妇女或叩拜喇嘛，或叩拜寺庙观宇，必随本身丈夫同行，不许妇女私自叩拜喇嘛或寺庙庵观，如违治罪。”

康熙四年（1665），从户部议，对惑世耗民的异端僧道，勒令还俗，驱使开垦新荒。规定各省僧道给予度牒，应照前额定数，每府40人，每州30人，每县20人。凡无度牒僧道须按定例治罪。十三年，定僧录司、道录司员缺，及以次递补法。十六年，诏令僧录司、道录司稽察设教聚会，严定处分。二十五年，立法定例：僧道杀师立斩。二十六年，严禁僧道以邪教惑民。四十二年，规定凡扩建庙宇与民间田庐有关者，永行禁止。五十年，以寺庙太多，占据百姓田庐，且易于窝藏逃亡罪犯，无益民生，有旨日后严禁增建寺庙。

雍正十三年（1735）九月，重申禁止各地擅造寺观神祠。

乾隆元年（1736），礼部遵旨议定清厘僧道，颁行度牒之法。要求各地登记戒僧、全真道士年貌、籍贯、梵修处所，整理造册，取具印给，汇送礼部，重新发给度牒。嗣后情愿出家者，必先请度牒，方准簪剃受戒。规定不许招受年少生徒，妇女必年逾四十，方准出家，年少者严行禁止。高宗弘历一度密谕各省督抚渐次减少僧道。乾隆十年六月，传谕以宽裁汰僧道：“若去一僧道，则多一力田之农民，则善政也。但朕复思之，彼游手坐食之人，习于安闲，若迫令改业，受手胼足胝之劳苦，其势有所不能。不过市井添无数游惰生事之辈，转不若收之寺观中，尚羁縻也。因命督抚转饬所属，从宽办理。但又不可错会朕意，”以为崇高佛老。”《中国佛教•清代佛教》称：“乾隆三十九年六月，准御史戈源奏请，通令取消僧、道的度牒制度。”一直延续到清末。清末，清政府为激发传统士大夫的卫道精神，维护思想统治，决定没收一部分佛道庙产以兴儒学，引起佛教界震动，纷纷奋起抗争。光绪三十三年（1907），因中国佛教领袖敬安上书，佛学界著名人士章太炎、释曼殊等撰文驳斥，逼使清政府收回成命，重申保护佛教，并由学部颁行章程，准许各省、府、县设僧教育会，凡僧众自行办学者，庙产可予保全。

民国元年（1912）3月，国民政府临时大总统孙中山在回复李证刚（一作李政纲）等成立佛教会立案信中，赞同弘扬佛法，令准予立案。4月，“中华佛教总会”于上海留云寺举行成立大会，寄禅任会长，孙中山复信，公开表示国民政府全力保护佛教。四年，北洋政府颁布《管理寺庙条例》31条，通令全国寺庙教堂办理登记，予地方官以侵占寺产之权。佛教界呼吁取消，太虚和尚撰文反对，条例因之未付实行。十七年8月，南京政府公布寺庙登记条例18条。11月，南京政府公布“神祠存废标准”，各地占寺逐僧加剧。十八年1月，内政部议决公布“监督寺庙条例”21条。11月，立法院通过修订“监督寺庙条例”13条。二十年，国民政府公布维护寺产之令，规定对侵夺寺产者依法办理。二十二年9月，内政部公布“寺庙兴办慈善事业实施办法”。二十三年8月，内政部下令禁止盂兰盆会。二十五年1月，公布“寺庙登记规则”。同年6月，中央民众训练部公布“修订中国佛教会章程草案”。三十二年11月，内政部公布“寺庙兴办公益慈善事业实施办法”，中国佛学会理监事会议反对。三十三年，蒋介石命孔祥熙、白崇禧、何明华、太虚、于斌为五大宗教理事，设立陪都宗教联谊会。三十四年12月，内政部、社会部训令依法组织中国佛教整理委员会，太虚、章嘉、李子宽等任常务委员。三十六年8月，国防部批准僧尼可以救护伤兵代服常务兵役。三十七年1月，政府公布“废止寺庙财产兴办公益慈善事业实施法案”。民国时期，包括佛教在内的宗教事务由国民政府社会科、教育科负责管理。

中华人民共和国成立后，1950年5月，全国政协宗教事务组第二次座谈会讨论宗教教务问题，国务院总理周恩来指示政府与宗教只求政治上一致，不求思想一致，各宗教应在教言教。1951年9月，厦门市人民政府成立宗教事务处，负责处理全市宗教事务。是年土地改革运动，寺庙田产按土改法重新分配。1952年10月，中共中央主席毛泽东接见西藏致敬团，声明“共产党对宗教采取保护政策”。1953年，中国佛教协会在北京广济寺成立，中国佛教会成立后，成为协助中共中央、人民政府保护佛教宗教信仰自由，管理寺院僧尼的工作机构。1958年，中共中央、人民政府号召佛教界僧尼积极参加社会主义建设，支持大跃进。

1966年“文化大革命”席卷全国，佛教受到巨大破坏，中国佛教协会被迫停止工作。地方宗教工作也受到冲击，机构解散。1972年，中国佛教协会恢复工作。1979年4月，厦门市恢复设置宗教事务处，编制7名。1984年4月，中国佛协公布《关于汉传佛教寺庙剃度传戒问题的决议》。1985年8月，厦门市宗教局批准厦门本岛南普陀寺、万石岩、虎溪岩、天界寺、日光岩、启明寺、同安梵天寺7家为开放寺院。11月，厦门市恢复成立佛教协会。1987年2月，中共中央统战部部长阎明复在中国佛协第五届全国代表会议上郑重声明，共产党的宗教政策不因中央人事变更而改变。1991年1月30日，中共中央总书记江泽民邀请赵朴初等各宗教团体5位领导人到中南海作客，指出“政治上团结合作，信仰上互相尊重”是处理同宗教界朋友关系的原则，明确表示“宗教政策一定会保持稳定性和连续性”。是年6月，厦门市成立宗教事务局，为正县级机构，是市政府负责宗教事务的工作部门，内设办公室、业务一处、业务二处，编制10名。1992年，厦门市佛教协会制订《厦门市寺庙庵堂守则》。1993年10月，中国佛协第六届全国代表大会通过《全国汉传佛教寺院管理办法》、《全国汉传佛教寺院共住规约》等。1994年7月，中国佛协公布《全国汉传佛教寺院传戒实施暂行办法》。1996年1月，厦门市宗教事务局与民族事务委员会合署办公，实行两块牌子一套工作机构，列为市政府成员单位，晋升为副厅级单位，内设办公室、宗教一处、宗教二处、民族工作处，编制13名。2000年1月13日厦门市十一届人民代表大会常务委员会第22次会议通过《厦门市宗教活动场所管理规定》。（全文附后）。